Hola Lucía:
En tu página puedes poner varios tags scripts... la idea es crear con php un tag script (o solo su contenido) antes del que tienes:
<script>
var var1 = "<?=$var1; ?>";
var var2 = "<?=$var2; ?>";
</script>
<script src="js/index.js" type="text/javascript"></script>
Con estas líneas, si tu "js/index.js" necesita usar los valores de las variables php $var1 y $var2 ya tiene sus valores en las variables javascript var1 y var2.
Espero que te sirva.
Saludos
