Si tienes datos en tu HD que no quieres perder, puedes usar el
Partition Magic, yo lo he usado en su versión
8.0 y funciona muy bien, podrás convertir unidades NTFS a FAT32, pero si lo haces, agarra un buen libro, acomódate en un buen sillón y ponte a esperar por que se va a tardar...

, pero si no tienes ningún dato que perder, lo mejor es que desde un diquette de arranque uses
fdisk y borres todas las particiones que tengas y las vuelvas a hacer, con eso te aseguras que no tendrás problemas, y harás una instalación "limpia".
Espero te sea de utilidad.
Saludos.l