Hola:
Todos los enlaces se cargan en las ventanas definidas en el atributo target de las mismas. La misma ventana del enlace se llama self, y en el caso de los iframes, la ventana padre se llama parent, para poner estos valores los debes preceder del carácter "_", o sea que tus enlaces deben ser:
<a href="destino.html" target="_parent" >... para el caso de enlazar a la página principal, y basta con omitir ese atributo (o darle valor _self) para que enlace en la misma ventana.
Saludos
