Perfecto la función de php intval es la que me ha valido, muchas gracias Panino, ya me veía quitandole lo de zerofill a todas las tablas de la base de datos xD
Al final la cosa me ha quedado tal que así
Código PHP:
<?
$visita = intval($v[id_visita_programada]);
if (($numMes == $d) && ($mes == $m) && ($ano == $a)){?>
<li class="visita" onclick="mostrarVisita(<?echo $visita;?>)">
<?echo $visita;?>
</li>
<?
}
?>