Hola cmarti!
Laverdad, a mì el tema de los collation nunca me ha tocado, nunca he tenido problemas

. Hasta ahì bien.
Al encontrar tantas "posibles" soluciones y problemas, mira para tu caso cual se adapatarìa mejor... por què no simplemente modificar el collation que tiene tus tablas desde phpmyadmin y ya??, creo que esa es una buena opciòn. Tù veràs si modificas tu "my" para predefinir uno. Ya es decisiòn tuya para tratar de automatizar esto!!
Al no ser un entregado a este tema, lementablemente no tengo la respuesta que necesitas sobre lo de modificar el "my". Tal vez, si le sabes preguntar a Google, èl te de la respuesta que buscas!!!
No le des tantas vueltas a este asunto, por que terminaràs odiàndolo!!! jejejeje
Saludos y espero te sirva!!