Me he matado a buscar por Google pero no encuentro nada. Si te sirve de consuelo, a mi también me pasa, por lo tanto es algo normal. Con la ñ también ocurre, lo que da que pensar que será algún tema de codificación o que simplemente windows no lo soporta en la linea de comando (bueno, tampoco porque haciendo dir /B sí que salen las tildes...).
Esto lo leí por ahí:
Cita: NOTA: Para más seguridad y menos equivocaciones no metáis nunca acentos a los nombres de los archivos y directorios.