Yo diría que apache procesa esas lineas pero no encuentra coincidencias, o sea que las reconoce pero no las usa.
Me parece que la línea
Cita: RewriteRule ^.*$ index.php
no es correcta porque estas diciendo que el archivo empiece por . (punto) seguido de cualquier cosa. La correcta sería:
Cita: RewriteRule ^(.*)$ index.php
De todas formas, para probar que realmente funciona puedes hacer una sencilla redirección y así lo probarás: