creo que debes replantear una porción de la consulta.
Código:
SELECT ar.CodigoFabricante, ar.IdCategoria,isnull((Select top 1 Nombre from inv_categoria where idEmpresa ='+ cast(@IdEmpresa as varchar(3))+' and IdCategoria = ar.IdCategoria),'Ninguna') as Categoria from Inv_Articulo ar inner join Inv_bodegaArticulo bart on ar.IdEmpresa=bart.IdEmpresa and
ar.IdArticulo = bart.IdArticulo inner join Inv_categoria cat on
ar.IdEmpresa=cat.IdEmpresa and ar.IdCategoria=cat.IdCategoria
Comentanos si te funciona.
Saludos.