Seguro que no esta marcando algun error javascript.... porque adecue un poco tú código para que funcionara y no tuve ningun problema para que me saliera el pop-up
Código:
<script language="javascript">
function disparaPopUp(codigoArt,i)
{
window.open("ayuda_txtArt.php?codigoArt="+ codigoArt +"&i="+ i +"","aa","scrollbars=yes,resizable=yes,width=1, height=1");
}
</script>
<?php
$num = 2;
for($i=0;$i<$num;$i++)
{
?>
<input name="txtidArticulo<? echo $i;?>" maxlength="9" onChange="disparaPopUp(1,1)">
<?php
}
?>
Saludillos.