Muy sencillo....
configura el dominio en el servidor linux cpanel tal y como si corriera alli.
una vez configurado, editas los DNS, y apuntas el www, ftp, etc. al IP del servidor windows en donde tienes tambien configurado el sitio y listo.
Una recomendacion, el dominio principal (sin
www.) dejalo apuntado al IP del mismo linux, y ponle una redireccion al www. para cargar el web (un httpd redirect o htaccess)
De ese modo funcionara como tu quieres.
Saludos.