Vamos a ver...
Creo que ahora, he entendido que la página en si es un script
pre-fabricado de enlaces.
Luego, por otro lado, tenemos el fichero .htaccess que indica al mod rewrite de Apache condiciones y reglas.
El .htaccess debe ir colocado en la raiz del dominio. Es decir, al mismo nivel donde debes de poner tu index (supongo que en public_html estará bien).
Si has hecho pruebas con el .htaccess colacándolo en una carpeta, luego en otro y así para probar, puede pasarte que luego lo quieras eliminar y resulta que no esté. En realidad si está pero se oculta por temas de seguridad.
Yo te recomendaría primero subir un fichero .htaccess totalmente en blanco a las carpetas donde lo has probado, o, si tienes la posibilidad de borrarlos incluso mejor.
Después de eso, volvemos a probar.
Te lo digo,porque puede ser que tantos .htaccess en varias carpteas y subcarpetas pueden crear un conflicto.
No acabo de entender la estructura de enlaces que finalmente quieres tener.
