Buenas
mdroca. En primer lugar, bienvenido a FDW.
No entiendo bien el problema que tienes. Lo que sí veo algo
sinsentido, es tener cosas así:
Código:
RewriteRule ^top-links.html$ top-links.php [QSA,L]
Para eso pones directamente que el mod rewrite sea top-links, sin extensión, ¿no? Será cosas de gustos.
De todas formas voy a echarle un ojo a musicosprofesionales.com y portal-on.com a ver si entiendo que problema tienes.