Yo tuve esa duda, pero lo resolví con un fichero .bat
En el menu inicio, al lado del acceso a la aplicación, pongo otro acceso directo a un .BAT ubicado en la carpeta de la aplicación. Al acceso lo llamo "Desinstalar" con un iconcito de una papelera.
El .BAT contiene lo siguiente:
donde codigo es el codigo de instalación único de tu aplicación.
Estoy seguro que tiene que haber la forma de hacer esto más correctamente y no recurrir a un .BAT, pero mira!
Un saludo!