Hola:
Veo un par de cosas de las cuales una está mal: 'A209F4' debe llevar "#" por delante (sé que explorer lo cuela así). La otra cosa es el punto y coma detrás del rain() en el setTimeout...
Otra cosa es que usas demasiado código para tu propósito:
Código:
var color = 0;
var colores = ["red", "orange", "yellow", "green", "blue", "#A209F4", "purple", "pink"];
function rain() {
nuevoColor = colores[++color % colores.length];
document.linkColor = nuevoColor;
document.vlinkColor = nuevoColor;
document.alinkColor = nuevoColor;
}
setInterval("rain()", 100);
También puedes fijarte en la consola de error de firefox.
Saludos