A ojo, no soy experto en capas pero entre los head del html:
#delante{
position:absolute;
z-index:200;
}
#detras{
position:absolute;
z-index:100;
}
No hagas tabla pues la web será flotante y se ubicará mediante atributos de css (#delante y #detras). No los he puesto ya que ni siquiera sé si funciona. he puesto sólo los z-index que son los que dicen que va delante.
Antes de la etiqueta:
<div id="delante">
<SCRIPT language=JavaScript1.2 type=text/javascript>
.
.
.
</script>
</div>
Y en el flash:
<div id="detras">
<script type="text/javascript">
.
.
.
</script>
</div>
Si funciona los más seguro es que se desmonte. Lo más seguro es que no queden donde quieres, pero eso se organiza mediante atributos css.