Hola pepp, bienvenido a los foros
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Lo que propones es muy complejo, en principio tienes un error garrafal intentando usar document.write() con una página cargada, cuando deberías usar el DOM (ya sea con innerHTML o con createElement + replaceNode...) pero aunque no sepas de esos métodos que te comento tendrías problemas con algún navegador (lo sé por experiencia)...
Aunque con javascript puedes obtener relativamente buenos resultados, te recomiendo que hagas las mezclas de los videos y uses solo uno (y en el embed pongas loop="true")
Para cosas multimedia yo prefiero usar iframes, aunque no sean muy populares.
Saludos
