Casi casi:
En vez de
Código PHP:
//Creamos los SELECTS
var selPais=document.createElement("SELECT");
var selProv=document.createElement("SELECT");
var selCiud=document.createElement("SELECT");
Debes poner las referencias con los mismos nombres de variable:
Código PHP:
//referenciamos a los elementos del documento
var selPais=document.body.getElementsById(depa);
var selProv=document.body.getElementsById(provi);
var selCiud=document.body.getElementsById(ciud);
Y además de eso eliminar las líneas:
Código PHP:
//adjuntamos al documento
document.body.appendChild(selPais);
document.body.appendChild(selProv);
document.body.appendChild(selCiud);
Pon todo el código al final de tu página para asegurar que los elementos HTML están disponibles para el script.
Así debería funcionar. Un saludo.