Yo tenia el mismo problema, aunque lo mio ocurria en un banner desplegable con rollover que quiero poner y las ligas de bajo quedaban sin liga activa. la solución que encontre fue; que el rollover llame a una función js que haga que cambie el height y el width del <object y <embed al valor maximo que se va adesplegar el flash y en el rollOut recuperar el tamaño minimo de estos dos valores. Soy un principiante (asi que posiblemente este en un error) pero como que el navegador reserva el espacio que declaraste para el object que contiene a tu flash para posteriormente desplegarlo y deja inservibles todas las ligas activas en esa area, asi que al contraerse tu menu deberá cambir el tamaño de el ancho y largo de el objeto contenedor del flash y asi serviran las ligas.
No quiero cobrarme a lo chino como decimos en México pero si pudieras leer la pregunta que envie al respecto y quizas te aclare mas la solución que trate de explicarte, incluyo el codigo... mi problema es otro que surgio al solucionar el problema parecido al tuyo, pero para variar es el ie el que falla
.... bueno ya leeras la pregunta.
El tema es: Banner expandible con rollover, casi queda, falta un detalle
con fecha del dia 8 de Junio.
...forosdelweb.com/showthread.php?t=496591
Saludos