Lo que pasa en este caso, es que en la etiqueta BODY tienes el evento onload, con la función
init(). Por otra parte, en el primer script tienes
Código PHP:
window.onload = animateLogo;
Por lo que sobrescribes el evento. Lo que tienes que hacer es aunarlos, o todos en js, o todos en HTML. Por ejemplo, comenta la línea de javascript, y pon en la etiqueta <body>
Código PHP:
onLoad="init(); animateLogo();"
Así sí que funcionan los dos.
Por cierto, tu script está un poco desfasado, diferenciando entre DIV y LAYER, que ya no se implementa, y diferenciando demasiado entre navegadores, tiene código de más. Además se procura poner en las etiquetas <script>
Código PHP:
type="text/javascript"
en vez de
language="JavaScript1.2"
Un saludo.