mysql_insert_id te regresa el ultimo valor de la ultima tabla, es decir si haces esto:
Código PHP:
$link = mysql_connect();
$result = mysql_query( "INSERT..." );
$id = mysql_insert_id( $link ); // ID de tabla 1
$result2 = mysql_query( "INSERT .." );
$id2 = msyql_insert_id( $link ); // ID de tabla 2
Saludos.