Siempre te va a pedir confirmación para cerrar la ventana, a no ser que la ventana que quieres cerrar haya sido generada mediante un window.open().
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El siguiente código me funciona en Internet Explorer y Opera. Firefox, Flock y K-meleon ni siquiera me dejan cerra la ventana, ya que me señalan que window.close() sólo sirve para cerra ventanas que hayan sido generadas mediante script (lo que te comentaba al principio).
Código:
function cerrar(){
opener = null;
window.close();
}