Hola gurtamo, nunca utilice el Cobian Backup, pero según esto:
Cita: Cobian Backup se puede ejecutar como servicio bajo Windows NT/2000/XP. Es compatible con unicode y se rige por nuevos y potentes métodos de encriptación. La interfaz tiene soporte para drag-and-drop y permite realizar copias progresivas, es decir, que sólo añaden a la copia ya existente los ficheros nuevos o con cambios.
el soft debería copiar solo los objetos que cambiaron, revisa si no lo tenés mal configurado.