Por parte de PHP solo tienes que imprimirlo adecuadamente. Siguiento con tu ejemplo:
Código PHP:
<?php
$xml = "<etiqueta>Contenido</etiqueta>";
?>
<script type="text/javascript">
myFlashObject.addVariable("photosXmlFile", "<?php echo $xml; ?>");
</script>
Salida:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
myFlashObject.addVariable("photosXmlFile", "<etiqueta>Contenido</etiqueta>");
</script>