Cómo hacer backup diferencial

[gurtamo]

Buenas, estoy intentando hacer mi primer backup, me he comprado un disco duro externo de 500Gb y me gustaría ir haciendo backups diferenciales cada cierto tiempo.
Lo primero que he hecho ha sido formatear el disco duro, para lo que se ha tirado más de dos horas. Después, utilizando el Cobian Backup, he hecho un backup de dos carpetas con varias subcarpetas y miles de archivos, para lo que se ha tirado otras tantas horitas. Una vez finalizado, para comprobar cómo funciona lo del backup diferencial, le he vuelto a decir que haga el backup, y dado que no había tocado ningún archivo esperaba que se los saltara todos y lo diera por terminado enseguida. Cual es mi sorpresa cuando veo que se lia a copiar otra vez todos los archivos desde el principio, sin discriminar. Por la pinta que llevaba tenía trazas de tirarse otras tantas horas con ello, así que he cancelado y me he venido aquí a preguntar.

¿Que puede pasar? ¿Cómo puedo hacer para copiar solo los archivos nuevos o modificados y que se salte el resto?

¡Gracias!