Puedes generar un reporte de cuales de tus archivos son 'huérfanos' usando el 'Link Checker', el cual está en el panel de 'Results'. Ese panel es el que está debajo de 'Properties' y casi siempre está oculto.
También puedes llegar a el yendo a: Windows -> Results, o con el shortcut F7.
Una ves ahí vas a la pestaña de 'Link Checker' y escoges 'Broken Links' en menú desplegable que dice 'Show'.
Después, le das al botón de búsqueda y escoges donde quieres buscar, el el documento que tienes abierto, en todo el site, o links que hayas seleccionado.