Usa PHP!, PHP es un lenguaje que tiene buen manejo de XML atravéz de su libreria simpleXML, SimpleXML te permitira leer (o bien insertar/cambiar dinámicamente) secciones de archivos XML o documentos completos, (despues viene el problema de si tus archivos superar los 2MB de tamaño), y trabajar con sus atributos etc; Después de ahí los frameworks disponibles (yo no uso uno GPL actualmente porque tengo el mío) deben tener opciones de inserción de scripts PHP al menos.
EDITADO: olvidaba dejarte algo de referencia por si acaso: cakePHP,
http://php.net/simpleXML, .
un saludo.