Pues de que manera lo intentas hacer, mira aquí te dejo un ejemplo que vi hace un tiempo y que lo puso nuestro amigo skatomundo:
Código PHP:
<?php
// Conexion con el servidor
$con = mysql_connect( 'servername', 'username', 'password' );
// Almacenamos en variables las conexiones con las diferentes bd
$bd1 = mysql_select_db( 'basededatos1' );
$bd2 = mysql_select_db( 'basededatos2' );
// Ahora solo tienes que hacer tu consulta con esta sintaxis basededatos.tabla.campo ejemplo:
$consulta = "SELECT ".$bd1.".tabla1.campo3 AS res1, ".$bd2.".tabla2.campo3 AS res2 WHERE ";
$consulta .= $bd1.".tabla1.campo1 = ".$bd2.".tabla2.campo1 AND ".$bd2.".tabla2.campo1 = 3";
// Ejecutamos la consulta
$res = mysql_query( $res, $con );
// Y el resto ps ya te lo sabes, ahy que hacer lo que necesitas con los resultados; y por ultimo liberamos memoria y cerramos la conexion con el servidor
mysql_free_result( $res );
mysql_close( $con );
?>
Espero sea lo que necesitabas o por lo menos te des una idea. Suerte
