Se me había olvidado comentar un detalle, quizas, importante.
En relacion a
<?php
if(empty($pro))
{
include("blank.php");
Cuando escribo el código dentro de una página cargada dentro de la index (la del $sec) le digo que cargue una página en blanco a la que le he escrito un texto de prueba para comprobar si carga o no, y si lo carga bien. El fallo lo da cuando le doy al boton para cargar otra página y es cuando me lleva a la index.php. A lo mejor le escribo mal el href al boton.
El código del boton es el siguiente
<a href="?pro=pagina>Boton</a>
Está mal este código o habría que especificar una ruta en plan
<a href=?sec/?pro=pagina">Boton</a>
Un saludo.