Cada navegador tiene diferente soporte para CSS, es por eso que cada uno lo interpreta a su manera, por ejemplo en IE muchas etiquetas HTML tienen margins o padding por defecto, o sea el navegador las interpreta con esas propiedas aunque no hayan sido declaradas en CSS, para ellos usa siempre un reseteo de todos los margins y paddings en el inicio de tu hoja, o sea algo como esto:
Código HTML:
*
{
margin: 0;
padding: 0;
}
Eso pondra todo en 0 y partir de ahi todo tendra el margin o padding que tu elijas mediante tu hoja CSS en todos los navegadores.
OJO: IE6 muy pocas veces respeta eso, asi que debes tener en cuenta que muchas veces necesitaras una hoja extra para IE6, para ello te recomiendo los comentarios condicionales de IE, no sabes como facilitan la existencia de los programadores.
Espero haberte ayudado, saludos :D