Pues en mi ejemplo sería así (no lo he probado, lo he modificado
in situ Código PHP:
<table id="laTabla">
<tr>
<td>TEXTO A</td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_1A" value="XXX"></td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_2A" value="YYY"></td>
</tr>
<tr>
<td>TEXTO B</td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_1B" value="XXX"></td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_2B" value="YYY"></td>
</tr>
<tr>
<td>TEXTO C</td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_1C" value="XXX"></td>
<td><input type="checkbox" name="Grupo_2C" value="YYY"></td>
</tr>
</table>
<input type="button" onclick="todosCheck('laTabla','1')" value="marca sólo grupo 1" />
<input type="button" onclick="todosCheck('laTabla','2')" value="marca sólo grupo 2" />
<script>
function todosCheck(tabla,parteDeName) {
var checks=document.getElementById(tabla).getElementsByTagName("input");
for(var i in checks) {
if( checks[i].type=="checkbox" && checks[i].name.indexOf(parteDeName)!=-1 )
checks[i].checked="checked";
}
}
</script>
Un saludo.