Es solo que no tienes bien tabulado tu codigo y no puedes ver el flujo real.
Que tal asi?, mas sencillo no?
Código:
if @pCod_uno ='- TODOS LOS CODIGOS'
set @pCod_uno= '-1'
PRINT @pCod_uno
begin
set @pCod_conciliacion = null
set @pCod_todos=1
print 'estoy_cargando_todos_los_codigos'
insert into #codigos
(cod_conciliacion)
select cod_conciliacion from cf_mis_ps_conciliacion_codigo (nolock)
end