Si se pueden pasar parámetros a traves de la URL a una aplicación lanzada con Click-Once. Aqui os dejo el link:
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms172242.aspx
He decidido hacer la aplicación solo disponible on-line para asegurarme de que siempre se envian los parámetros a través de la URL.
Javiermil, me podrias explicar un poco lo de los servicios web, es que, siempre que leo algo en Internet parece que esten muy vinculados a los Smart Clients, aunque en mi caso no veo la necesidad.
Un saludo