No lo entiendo, cualquier código javascript se ejecuta en cuanto el navegador acaba de leer la línea de código. Obviamente si es una función no se llamará hasta que la función sea llamada ¿no?
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Código PHP:
<script>alert("hola")</script>
se ejecuta en cuanto el navegador la lee, sin más complicación.
¿A qué te refieres?