Si lo vas a pasar a formato DVD entonces es mejor que pegues los subtítulos durante la conversión del AVI a DVD, así sólo haces una conversión y no dos (de AVI a AVI subtitulado y de ahí a DVD), ahorras tiempo y no pierdes tanta calidad. Dependerá del programa que uses para la conversión... con el tmgpenc y otros funciona el método de los ffdshow:
www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php (aunque si usas un programa que deje cargar los subtítulos, pues más fácil
)