Solo e visto una aplicacion que trabaja asi, pero igual esta tambien sube los archivos a una carpeta "tmp" y cuando el usuario le dice enviar buscan en la carpeta tmp los archivos del usuario (los archivos tienen un identificador por usuario) los mueven a otra carpeta ya definitiva y los borran del "tmp", pero igual puede ocurrir lo que t dices asi que cada cierto tiempo tendrias que revisar esta carpeta y borrar la basura. Otra puede ser un proceso automatico que se encargue de ello.
Se me ocurre que en la carpeta tmp, agreges al nombre de archivo la fecha en la que subio a alli, y con un proceso automatico recuperes esa fecha y si es del dia anterior que borre el archivo, asi no lo harias manualmente.
Saludos
