El problema no es con Apache .. es con PHP (y no es problema ..).
Edita tu php.ini de PHP y mira el estado de la directiva:
registre_globals= ON .. si esta a ON pasala a OFF ...
Revisa la documentacion del mismo php.ini y del manual de PHP oficial (<a href='ir.asp?http://www.php.net/mananual/es' target='_blank'>www.php.net/mananual/es...</a>) .. que por defecto esta a OFF en las nuevas versiones de PHP por algo (motivos de seguridad principalmente ...)
Por si quieres buscar informacion .. mira en el manual sobre:
$_GET[] .. y $_POST[] arrays ..
Un saludo,