Tienes un articulo sobre lo que mencionas en:
<a href='ir.asp?http://www.devarticles.com/content.php?articleId=32&page=1' target='_blank'>http://www.devarticles.com/content.php?a...</a>
Pero .. Si esa aplicacion "C" va a correr en tu servidor de forma independiente y no va a entregar algun resultado a PHP .. tan solo con correr tu "C" directamente sobre tu directorio cgi-bin como un CGI .. lo podrias hacer. Para llamarlo (a tu C) seria igual .. haciendo un simple link a: http://www.tuservidor.tal/cgi-bin/tuC.tal ..
Pregunta en el foro de CGI sobre como ejecutar C en tu servidor .. que tal vez sea mas sencillo incluso que llamarlo por PHP ..
Un saludo,