En windows y con apache lo único que tienes que hacer es alojarlos en el directorio cgi-bin que te crea la instalación del apache normalmente en C:\archivos de programa\apache group\apache\cgi-bin\
Además debes tener instalado el interprete del perl, y comunmente se aloja en C:\perl\bin
Y esto otro, los ficheron .cgi y .pl en la primera línea deben tener esto #!C:\perl\bin\perl.exe en vez de #!/usr/bin/perl u otro parecido.
y luego testea en tu navegador después de abrir el apache con http://localhost/cgi-bin/nombrearchivo.pl
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