Leyendo un poco...ahora sí, yo para evitar eso ejecuto siempre a nivel root.
Son maneras de trabajar, y siempre hablando de grandes proyectos. Viste por ejemplo métodos como este?:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...ght=namespaces
Hay varios threads en el foro de oop hablando sobre estructura de dirs de varios niveles.