Pues seguro que has visto la explicación de
wikipedia del MVC. Si es así te habrás dado cuenta que lo normal al desarrollar un site usando este modelo es usar un webframe (o web framework), osea una arquitectura ya creada la cual te ayuda a crear paginas de forma rápida y eficiente. Para esto tienes que seguir un grupo de
conceptos inherente al webframe que hayas elegido, y pogo concepto en negrita porque esa es una parte importante. Los webframes de MVC casi todos se rigen por el termino "Conceptos en vez de Configuración". Uno de los ejemplos mas claros y mas populares ahora mismo es Ruby on Rails, el cual ha adquirido bastante popularidad. Si vas a usar PHP te aconsejo que escojas un webframe que utilice PHP (en el link de wikipedia lista algunos) y te leas la documentación. Una vez aprendas a usar esos conceptos podrás (en teoría) hacer páginas más rápida y organizadamente, y sin la necesidad de repetir código innecesario (osea, en termino 'geeky', ser DRY).