Entiendo, sin conocer más de tu base de datos, que con esta consulta te tiene que valer:
Código:
UPDATE tabla_nueva
INNER JOIN tabla_antigua
ON tabla_nueva.clave_principal = tabla_antigua.clave_principal
SET tabla_nueva.campo = tabla_antigua.campo
sustituye tabla_antigua, tabla_nueva, clave_principal y campo por los nombres que correspondan con los que tienes en tus tablas.