Cita: tiene que ser libre (el software) o con liciencia suficiente para poder hacerlo sin comprar nada
Que sea libre no te asegura que sea gratuito.
Si quieres usar Java en una aplicación web, te recomendaría que lo hagas con JSP, usando NetBeans (también podés usar Eclipse, pero NetBeans es superior en este aspecto)
NetBeans es gratuito y es en cierta manera libre.