Mantener formato de texto.

[b3nj4]

Ese problema te aparece porque MySQL guarda los datos en BD con saltos de línea \n, saltos que no se ven en ningún sitio pero que están.

Cuando los muestras por pantalla, esos saltos también están, pero como los navegadores no entienden los \n, tendrás que sustituirlos por el código que usa HTML para crear saltos de línea: <br>

Podrías poner este código:
$linea = str_replace("\n", '<br>', $linea);
Al mostrar $linea por pantalla ya tendrás el formato que quieres.

Las comillas dobles en el \n son importantes.