Hola:
No hay nada en java (que yo conozca) que permita borrar la pantalla.
Las opciones pueden ser escribir muchas lineas en blanco, o bien hacer la llamada correspondiente al sistema operativo.
Runtime.getRuntime().exec("clear");
Otra opción, aunque no es muy conocida ni creo que se use mucho, son los
códigos ANSI.
Se bueno.