Hola:
No sé donde los piensas guardar... pero vamos a ponerlos en un array y de ahí a un campo oculto...
function no_marcados(f) {
var ids = new Array();
for (i = 0, eles = f.elements, total = eles.length; i < total; i ++)
if (eles[i].type == "checkbox" && !eles[i].checked) ids[ids.lenght] = eles[i].id;
f.oculto.value = ids.join(",");
}
Tal vez te interese usar el método durante el envío... onsubmit="no_marcados(this)"
Saludos