Invocar función Javascript desde una ventana nueva.

[Ember]

Bueno, sé que no te voy a ser de gran ayuda porque no sé la respuesta a tu problema, aunque te puedo dar una solución (al menos, yo haría eso). Crea un fichero js y mete ahí todas las funciones javascript que quieras, y luego llama a ese fichero desde todas tus páginas. Yo creo que te ahorras problemas como el que tienes, pero a lo mejor no es la opción que buscas. Seguro que no tienes problemas con los navegadores (imagino yo).