Al definir los campos existe una propiedad denominada zerofill, que deberías utilizar para esto.
Un ejemplo de definición de campo con relleno de ceros:
Código:
CREATE TABLE `test`.`ejemplo` (
`id` INTEGER UNSIGNED ZEROFILL NOT NULL DEFAULT NULL AUTO_INCREMENT,
`otro` VARCHAR(45) NOT NULL,
PRIMARY KEY(`id`)
)
ENGINE = InnoDB;