Sobre PHP y las multicapas

[phpente]

Buenas noches:
Necesito que me ayuden con las buenas practicas para construir un sitio por capas lo que mas me preocupa es la comunicacion Presentacion y Negocio, porque lo estoy haciendo todo por codigo PHP y cuando valido la informacion en una fucnion javascripts a continuacion llamo a la clase controladora invocando al metodo submit del formulario desde la función es esto correcto o lo debería hacer de otra forma.
Gracias por la ayuda que me puedan brindar.