POR FIN HE VISTO CUAL ES LA SOLUCIÓN:
http://www.forosdelweb.com/f17/problemas-con-las-capas-dreamweaver-256753/
Para resumir:
1) Usar Capas, Layer. Div o como querais llamarlas, y atribuirles un Z-index
Z-index:0 para el Div del Flash
Z-index: 1 o superior para el menú.
2) En los parámetros del flash o FLV incluir
<
param name="wmode" value="transparent">
(Hasta aquí todo igual que ahora ¿no?
MUY IMPORTANTE
3) para que tambien funcione en Firefox y Opera, etc.incluir el codigo :
wmode="transparent" dentro de la etiqueta
EMBED, y quede algo así como:
<embed src="miflash.swf"
wmode="transparent" quality="high" etc etc.
He probado muchas otras soluciones y esta ha sido la unica que funciona con todos los navegadores.