GRacias chalchis.. Estuve intentando como me dijiste pero no pude

.... Lo que hice basicamente fue modificar dos cosas
la primera le coloque un id al checkbox
Cita: <td><input type="checkbox" name='opcion[]' id='opcion$i' value="$numero_certificado" ></td>
y por ultimo en el for que tenia en el js lo puse a que rrecorriera ese id
Cita: for(i=0; i< ele; i++){
if(document.getElementById('opcion'+(i)).checked == true)
{
num++;
}
y listo me funciono como queria..